Бєлковський народився 1971 року в Москві. Закінчив факультет економічної кібернетики Московського інституту управління. Протягом певного часу працював програмістом, потім зайнявся політичним консалтингом. У різні роки співпрацював із такими політиками, як Борис Березовський, Ірина Хакамада, Костянтин Боровий.
2002-го заснував організацію «Рада з національної стратегії», яка об’єднала групу із 23 російських експертів, і протягом кількох років був її керівником. У квітні 2004 року створив і очолив організацію «Інститут національної стратегії», але за п’ять років заявив про вихід із її складу. 2003 року підготував кілька резонансних доповідей, серед яких «Самотність Путіна» і «Держава та олігархія».
Політолог часто коментує те, що відбувається в Україні та Росії, критикує політику президента РФ Путіна. 2017 року в інтерв’ю Дмитрові Гордону заявив: «В інтересах Росії, щоб наступним президентом після Путіна був я. Я б усе розрулив».
Зараз веде авторську програму на радіостанції «Эхо Москвы».
